La mayor parte del templo corresponde a esta época. Es la parte gótica, y a pesar de sus mutilaciones y variaciones presenta un aspecto bastante homogéneo.

Naves

Su decoración es sencilla. Compuesta por arcos apuntados, bóvedas de sencilla crucería excepto la de la capilla del baptisterio y la del coro, que tienen forma estrellada. Las claves de esta última representan al salvador y a los evangelistas.

Absides

También de la época y de distinta altura dependiendo de la nave a la que corresponden. Constan de dos tramos; uno recto cubierto con bóveda de crucería sencilla y otro poligonal al exterior y circular al interior con vistosas bóvedas.

El ábside central sobre todo está muy deteriorado por las diversas obras que posteriormente se realizaron.

A fines del siglo XVIII se colocó el retablo actual, se cubrió la bóveda del fondo cegando los tres ventanales góticos que se contemplan por el exterior. Como la capilla mayor quedaba muy oscura, a fin de remediarlo se rasgo la bóveda del primer tramo recto y se levantó en su lugar una cúpula semiesférica y sobre ésta, una linterna con ventanas.

La misma suerte que el ábside central sufrieron en 1790 los laterales.

Ventanales Góticos

Destacan en el fondo del brazo derecho del crucero un ventanal con arco apuntado, doble arquivolta.

Junto a la Portada románica del Sur hay un rosetón que da luz a la nave derecha del coro.

A los pies del templo, un gran rosetón que ornamentó la antigua puerta principal y que al ser construida la capilla de Nuestra Señora del Pilar quedó emparedado. Su diámetro es de unos 3,40 metros de diámetro. Tres círculos concéntricos, los dos interiores formados por baquetones, y el exterior por flores cuatrilobuladas. El rosetón está constituido por una serie de círculos tetralobulados. La decoración tetrafoliada es la misma en este rosetón y en el óculo de la puerta sur y de los costados del mainel de la Virgen del Pilar, que son aproximadamente de la misma época.

Coros

Coro de la nave central: es gótico, de finales del siglo XV y modificado en el siglo XVIII en su balaustrada. En los arranques del arco central, quedan algunos elementos góticos incrustados, relieves extraños y bellos. A la derecha, una sirena peinándose, un mono tocando el tambor, y a la izquierda un dragón.

Su bóveda es estrellada. En la clave central un sol radiante con cara de mujer y en las que le rodean, ángeles.

Los arcos de comunicación con los coros laterales están decorados con animales, monstruos y figuras grotescas. Así el que comunica con el coro de la nave derecha está decorado con cabezas de ángeles y otras imágenes, entre las que destacamos por su curiosidad la del vendimiador que lleva en sus manos el cesto lleno de uva y el corquete. El coro de la nave derecha es de estilo plateresco, y el coro de la izquierda es renacentista.