Unificada España en el siglo XVI bajo el poder absoluto de los Reyes Católicos, Laguardia pierde su importancia como plaza militar y deja de ser escenario de confrontaciones guerreras. Se vive una época de paz, que supone un engrandecimiento y riqueza de la villa, gracias al comercio del vino y a familias importantes que se asientan en el solar. Bonanza que se aprecia sobre todo en las nuevas construcciones de tipo palaciego.
Las 'cuevas' o bodegas familiares, caracteristicas de Laguardia son construidas a lo largo de este siglo.
Laguardia podría ser recorrida casi en su totalidad por los pasillos subterraneos que conforman estas bodegas. Cada casa posee en su subsuelo la bodega correspondiente, cuyas medidas no se relacionan proporcionalmente con las de la casa a la que pertenecen; así existen casas enormes con bodegas pequeñas y viceversa. Su función principal ha sido la de guardar y conservar el vino en las condiciones que este precisa, aunque en determinados momentos de la historia hayan podido ser utilizadas como refugios, o 'cuarteles' donde se conspiraba y se trazaban planos de guerra.
A finales del siglo XVI, y durante parte del siglo XVII, toda esta zona se vió asolada por una epidemia de peste, las primeras noticias que se tienen acerca de ésta datan de 1564, pero posteriormente tuvieron lugar rebrotes severos de esta enfermedad, que diezmaron la población llegando a desaparecer incluso algunas de las aldeas colindantes.
