Laguardia übernimmt erneut die Funktion einer Festung und wird einmal mehr zum Schauplatz kriegerischer Auseinandersetzungen. Während des Unabhängigkeitskrieges gegen die Franzosen wird es von diesen besetzt und geplündert.

1809 gelangt es unter die Herrschaft des Marquis' von Barriolucio und dieser ordnet an, große Teile der Stadtmauer zu zerstören, um so den Franzosen - falls der Ort wieder in ihre Hände fallen sollte - die Möglichkeit zu nehmen, sich dort zu verschanzen.

Im ersten Karlistenkrieg verwendete man Steine aus Mauern und Türmen der Wehrbauten, um vor den Stadttoren Verteidigungsanlagen zu bauen und sich auf diese Weise vor den Angriffen der Karlisten zu schützen.

Die größte Zerstörung der Festung fand im letzten Karlistenkrieg statt: Einige Wohnhäuser in der Straße Rua Mayor de Peralta und Páganos sowie ein großer Teil der Stadtmauer wurden zerstört.

1874 beschloss ein General der Karlisten, die Festung von Laguardia einzureissen und die Ortschaft in ein 'normales' Dorf ohne Verteidigungsanlagen zu verwandeln. Trotz des Widerstandes aller Einwohner wurde das Vorhaben durchgeführt.

Von jener uneinnehmbaren Festung der Könige von Navarra sind heute nur noch die beiden Wehrtürme übrig, die jetzt als Glockentürme dienen, sowie mehrere kleine Wehrbauten und einige Reste der alten Mauer.