Die Kirche befindet sich im Nordosten des Dorfes und bietet den Straßen Schutz gegen die kalten Winde aus der Sierra de Cantabria. Die Kirche liegt zwischen drei Straßen von Laguardia: der Calle de Páganos im Westen, der Calle de Santa Engracia im Osten und der Calle Mayor in der Mitte. Letztere führt direkt zum Haupteingang des Tempels.

Die Kirche hat einen rechteckigen Grundriss mit drei Kirchenschiffen, die durch Säulen unterteilt werden. Das Querschiff ist breiter als der Gotteshaus selbst, da an seinen Enden jeweils eine Kapelle untergebracht ist. Die Altarnische (Apsis) ist vom Inneren der Kirche aus gesehen halbrund und von außen vieleckig. Die im Renaissance-Stil erbaute Sakristei schließt sich an der Seite der Epistel an die Altarnische an. Sie wurde im Jahre 1549 nachträglich angebaut, nachdem der gotische Altarraum, der in drei Apsidien endete, zerstört worden war und wieder so aufgebaut wurde wie man ihn heute besichtigen kann.

Die Kuppeln über den Kirchenschiffen werden von gotischen Kreuzgewölben mit Zwischenrippen gebildet. Der mittlere Teil des Querschiffes wird hingegen von einer Kuppel im Renaissance-Stil mit einem Deckengemälde aus Figuren, unter denen das Bild des Padre Eterno, des “Ewigen Vaters”, hervortritt, bedeckt. Die beiden anderen Teile der Kuppel des Querschiffes sind trapezförmige gotische Kuppeln, die von einem Sterngewölbe mit Schlusssteinen aus der Renaissance-Zeit geziert werden.

Bauphasen

Man kann von mehreren Bauphasen für die Kirche sprechen, da der Bau viel Zeit in Anspruch nahm und die nachträglich vorgenommen Umgestaltungen Zeugnis der bei der jeweiligen Epoche vorherrschenden Baustile ablegen.

Die ersten künstlerischen Spuren befinden sich außen am nördlichen und nordwestlichen Teil der Kirche. Es handelt sich um die Mauern, die zum Patio der Schule führen. Hier zieren Gewölbenischen und lombardische Gesimse den oberen Teil der Mauer. Sie stammen aus den Anfängen des 12. Jahrhunderts, als man im romanischen Baustil zu bauen begann.

Bis zum Ende des 13. Jahrhunderts wurde der romanische Stil in der Kirche Santa María de los Reyes weitergeführt, wovon die Westmauer gegenüber dem Abteiturm zeugt. Diese Mauer stellt die Stütze des Tempels dar. Zu Beginn der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts wurden große Veränderungen daran vorgenommen.

Man kann dort zwei vollständig restaurierte romanische Kirchenfenster sehen.

Am nordwestlichen Ende der linken Westmauer befindet sich eine gotische Tür, die von innen zugemauert ist. Sie wird von mehreren Stirnbögen gebildet, die aus runden Säulen hervorgehen und von Kapitellen mit Blattmotiven gekrönt sind. Darüber befindet sich ein Dachvorsprung, der sich auf Konsolen stützt und mit floralen und antropomorphischen Motiven verziert ist.

Am Fuße des Mittelschiffs, unter dem Chor, befindet sich eine neue Tür mit halbkreisförmigen Bögen, die bei der Restaurierung 1954 mit zwei Wandpfeilern verstärkt wurden, die als Widerlager dienen.

In der Gotik (13. bis 15. Jahrhundert) wurde die Kirche weiter ausgebaut und mit Konstruktionen, die von den jeweiligen Stilepochen beeinflußt waren, vergrößert.

In den Anfängen der Gotik wurde die Höhe der Kirche bestimmt und die Grabgewölbe errichtet. Später, im 14. Jahrhundert wurden architektonische Veränderungen, wie die Kreuzgratgewölbe mit Zwischenrippen, und Arbeiten an den mittleren Säulen vorgenommen. In dieser Zeit enstand auch der wichtigste Teil des Gotteshauses: Das Portal, das Zugang zur Kirche verschafft.

Mitte des 16. Jahrhunderts wurde der Altarraum abgerissen, um ihn zu vergößern. Dies hatte zur Folge, dass das Querschiff und die Apsis vergrößert und dem Renaissance-Stil gemäß verändert wurden.

Aus diesen Umbauarbeiten im Renaissance-Stil enstand die Apsis, so wie sie heute ist, von außen achteckig und von innen halbkreisförmig, und ein Teil des Gewölbes des Querschiffes -insbesondere der Mittelteil- und der Anbau der Sakristei südöstlich der Apsis.

Nach Beendigung des Baus der Apsis konnte die Umsetzung des “Retablo Mayor” des Hochaltars, beginnen. Er wurde von Juan de Bascardó Mitte des 17. Jahrhunderts gebaut und stellt eine künstlerische Wiedergeburt dar, in der sich der Manierismus zeigt und die Barockkunst hervortritt, die allmählich von neuen Stilen aus dem Ausland beeinflusst wird.