La Sierra de Cantabria forma una barrera natural que impide la penetración de la influencia que el Cantábrico ejerce sobre las provincias vascas, y protege la zona de los frios y húmedos vientos del norte y noroeste. Este viento llamado 'cierzo', al llegar a la sierra, la envuelve con un manto de nubes y nieblas pegadas a ella, que los nativos denominan 'capa del cierzo'.

De esta manera, Laguardia goza de un clima que nada tiene que ver con el del resto de la provincia de Alava y, por supuesto, tampoco con las demás zonas del Pais Vasco, pudiéndo ser definido como clima de transición hacia la meseta.

Registra Laguardia unas oscilaciones térmicas muy acusadas a consecuencia de la altitud de la localidad y de su proximidad a la sierra. Se caracteriza por tener unos inviernos crudos, en los que el termómetro puede bajar hasta los -10ºC, y unos veranos calurosos, en los que se pueden registrar temperaturas de más de 30ºC. Los otoños y las primaveras son suaves y agradables.

El índice de pluviosidad media se sitúa entre los 450 y los 600 mm., integrándose así en el denominado sector seco-cálido.