Das Kantabrische Gebirge stellt eine natürliche Barriere dar, die den Einfluss des Kantabrischen Meeres auf das Wetter in den baskischen Provinzen verhindert und die Region vor Kälte und den feuchten Nord- und Nordwestwinden schützt. Dieser Wind, der so genannte cierzo, kühlt beim Aufsteigen an den Hängen des Gebirges ab, so daß Nebel und Wolken entstehen, die an dessen Spitze hängenbleiben und sie wie einen Umhang einhüllen. Diese wird von den Einheimischen deswegen als capa del cierzo ('cierzo-Umhang') bezeichnet.

Laguardia hat also ein Klima, das nichts mit dem der restlichen Provinz Alava und den übrigen Regionen des Baskenlandes gemein hat; man kann es als eine Art Übergangsklima zu dem der Hochebene bezeichnen.

Aufgrund der hohen Lage und der Gebirgsnähe sind die Temperaturschwankungen in Laguardia erheblich: Während die Temperaturen im Winter stellenweise bis unter -10°C fallen, steigt das Thermometer im Sommer bis auf über 30°C. Herbst und Frühling sind mild und angenehm.

Der durchschnittliche Niederschlag liegt zwischen 450 und 600 mm, so daß man Laguardia in die trocken-heiße Klimazone einordnen kann.