Nachdem Spanien im 16. Jahrhundert unter der absolutistischen Herrschaft der Katholischen Könige vereint worden war, verliert Laguardia seine Bedeutung als militärische Festung und ist nun nicht mehr Schauplatz kriegerischer Auseinandersetzungen. Es erlebt eine Periode des Friedens und dank des Weinhandels und einflussreicher Familien, die sich in dem Städtchen niederlassen, einen Anstieg des Wohlstandes. Dieser spiegelt sich vor allem im Bau neuer Häuser im Stil kleiner Paläste wider.
Die 'cuevas' oder 'bodegas' (Weingüter) der Familien, die so typisch für Laguardia sind, entstanden im Laufe dieses Jahrhunderts.
Man könnte bei einem Spaziergang durch diese unterirdischen Gänge der Bodegas fast das ganze Stadtgebiet Laguardias erlaufen: Fast jedes Haus hat ein Kellergewölbe, wobei deren Flächen nicht unbedingt übereinstimmen müssen - so gibt es riesige Häuser mit kleinen Gewölben und umgekehrt. Die Hauptfunktion dieser Keller besteht darin, Wein zu lagern und unter den Bedingungen aufzubewahren, die dieser benötigt. In der Vergangenheit wurden sie zeitweise jedoch auch als Zufluchtsräume oder 'Kasernen' benutzt, in denen man sich traf, um Verschwörungsvorhaben zu besprechen und Kriegspläne zu schmieden.
Ende des 16. Jahrhunderts und bis ins 17. Jahrhundert hinein wurde das völlig Gebiet von einer Pestepidemie heimgesucht, wobei 1564 nur vereinzelte Fälle auftraten, die aber später ein solches Ausmaß annahm, dass die gesamte Bevölkerung stark dezimiert wurde und einige der umliegenden Dörfer fast ganz entvölkert waren.
