Im XVI. Jahrhundert verlor die Kirche San Juan ihre Funktion als Festung. In der Kirche wurde mehrere Bauarbeiten vorgenommen, die in mehr oder weniger großem Umfang die mittelalterliche Konzipierung des Gebäudes veränderten.

1- Umwandlung des Zinnenturms zum friedlichen Glockenturm

Der Turm war ein altes militärisches Kastell, das zur Verteidigung des darunter gelegenen Tors diente. Er scheint zur Festung oder zur Ummauerung zu gehören, die im XIV. Jahrhundert wieder aufgebaut wurden. Von der Landseite aus gesehen, bleibt ihm mit seinen Zinnen sein ganzer kriegerischer Charakter erhalten Von dort aus betrachtet lassen sich am Turm drei Teile unterscheiden. Im unteren Teil ein Entlastungsbogen, der sich als ein Spitzbogen und Rippenkreuzgewölbe darstellt. Dahinter befindet sich ein weiterer Spitzbogen, der allerdings geöffnet ist. In der Mauer zwischen den zwei Bögen sieht man zwei Schießscharten. Unter dem zweiten Bogen war das Tor, das mit Ketten hoch- oder heruntergelassen wurde.

Im zweiten Teil des Turms sieht man einen weiteren, feingearbeiteten Entlastungsbogen. Der dritte Teil enthält große Fenster mit abgeschrägten Kanten. Die Seiten sind ähnlich konstruiert, allerdings ohne Bogen oder Tor im unteren Teil.

Die Stirnseite des Turms ist anders. Die beiden unteren Teile bilden ein Ganzes und sind besetzt von einem großen Entlastungsbogen. Weiter unten befindet sich ein weiterer doppelter Spitzbogen, der den Einlass zum inneren Teil des Turms bildet und der mit dem Bogen am Ausgang auf der anderen Seite verbunden ist, wodurch ein schönes Zusammenspiel der Bögen ensteht.

Im oberen Teil des Turms wurde in der Mitte des XVI. Jahrhunderts eine Glockenwand konstruiert, um die Glocken daran aufzuhängen.

2- Vergrößerung des Tempels nach Norden

Im XVI. Jahrhundert wurde der linke Arm des Querschiffes vergrößert und die alte gotische Tür zerstört. Die Tür, wie sie heute noch zu sehen ist, ist viel schlichter. Von der ehemaligen Tür verbleiben nur ein kleines Weihwasserbecken im Türsturz, rechts von der Tür zwei Strebepfeiler, die durch einen Giebel mit Voluten bedeckt sind, und ein Wasserspeier in Form einer Frau, die von den Bewohnern 'Maripena' genannt wird. Das Vordach wird von gotischen Konsolen gestützt, die abwechselnd mit Figuren und Blattmotiven verziert sind.

3- Bau der Kapelle der Jungfrau El Pilar am Fuß der Kirche

Im Jahr 1533 erbaute Juan de Asteasu eine Kapelle, die die Monumentaltür am Fuß der Kirche verschloss. Von diesem Bau bleiben nur die Gewölbeanfänge übrig, aber man vermutet, dass er dem Bau in der Kirche Santa María de los Reyes gleicht.

Zwischen 1732 und 1740 errichtete Juan Bautista de Arbaiza die Kapelle, die heute noch am Fuß der Kirche zu sehen ist.

Arbaiza schuf einen Raum, der mit allen Strukturen, die man mit ihm verband, brach. Sein Bauwerk zeichnet sich üblicherweise durch symmetrische Formen aus. Dieses Mal baute er eine Kapelle, die sich an humaneren, irdischeren Formen orientiert. Es ist eine Mischung aus dem ausklingenden Barock und der beginnenden Klassik.

Der Grundriss ist achteckig mit einem Durchmesser von 18,80 Metern und 19 Metern Höhe. Die Ecken zieren große korinthische Säulen, die von musizierenden Engeln gekrönt sind. Aus ihren Rücken gehen die Rippen hervor, aus denen sich ein prächtiges Sterngewölbe formt. Zwei Bogenstockwerke, die denselben Ecken des Achtecks entspringen, bilden einen Gang und weite Arkadengänge im unteren und oberen Stockwerk. Die Ornamente erzählen die Geschichte der Jungfrau del Pilar de Zaragoza.

Der Hochaltar der Jungfrau del Pilar geht auf die Zeit vor dem Bau der Kapelle zurück. Er stammt aus der Barockzeit, Ende des XVII. oder Anfang des XVIII. Jahrhunderts.

Die Skulptur der Jungfrau del Pilar gehört zur Mittelsäule der alten Haupteingangstür der Kirche aus dem XIII. bis XIV. Jahrhundert. Sie ist aufrecht, ist verlängert und verbreitert, was für diese Art von Heiligenbildern charakteristisch ist. Sie besitzt viel Anmut und Natürlichkeit. Ein ovales Gesicht mit mandelförmigen Augen und geschwungenen Augenbrauen. In der rechten Hand hält sie ein Blume. Auf dem linken Arm trägt sie das Kind, das zur Mitte gewandt ist und mit der rechten Hand segnet, während es in der linken einen Apfel hält..

Die Statue aus dem XIII.-XIV. Jahrhundert ist polychrom. Man kann die Polychromie zweier Epochen ausmachen: aus dem XVI. und dem XVII. Jahrhundert. Das Gesicht der Jungfrau wurde am stärksten nachbearbeitet.

Überraschenderweise hat sie keine äußerlichen Ähnlichkeiten mit der Jungfrau del Pilar de Zaragoza. Das einzige, was ihnen gemeinsam ist und woher auch der Name stammt, ist die Säule (el pilar), auf der sie sitzt.

Im Mittelalter und in der Renaissance wurde sie in Rioja Alta, Alavesa und Navarra sehr verehrt.