XVI. mendetik aurrera, San Juanek jada ez du zentzurik tenplu-gotorleku gisa. Hainbat lan egin ziren tenpluan, eta horiek neurria batean edo bestean, eraikuntzaren erdi aroko kontzepzioa aldatu zuten.
1- Dorre almenaduna kanpain-dorre baketsua bilakatzen da
Dorrea aintzinako gaztelu militar bat zen behean duen atea defendatzeko. XIV. mendean berregin zen fortifikazio edo harresiratze orokorrari dagokiola dirudi. Landa aldetik bere gerlari itxura osoa kontserbatzen du, bere almenak barne. Alde honetatik hiru gorputz desberdindu ditzakegu dorrean. Beheko gorputzean deskargako arku handi bat, zorrotza eta aristaz nabarmendua. Honen barruan eta askoz ere beherago beste zorrotz bat ere, baina irekia. Hauen artean geratzen den hormen arteko espazioan, bi gezi leiho. Bigarren arkuaren barrutik kateen bidez jeisten eta igotzen zen atea zihoan.
Bigarren gorputzean beste deskarga arku oso arina. Eta hirugarrenean leihotzar oso rasgatuak biselezko anguluekin.
Dorrearen aurrekaldea zerbait desberdina da. Beheko bi gorputzek deskarga arku bakar bat osatzen dute. Askoz ere beherago, beste tolesturako arku bat , zorroztua ere, dorrearen beheko aldeari sarrera ematen diona aurkako aldearen irteerarekin korrespondentzian, beherago geratzen dena arku joku polit bat sortuz.
Dorrearen zati garaian XVI. mendearen lehen erdian kanpan-dorre bat eraiki zen, kanpaien kokapenerako.
2- Tenplua Iparralderuntz zabaltzen da
XVI. mendean, eliz gurutzearen ezkerreko besoa zabaldu zen, aurreko ate gotikoa deuseztua izan zen, oraingoa oso xumea da. Aurrekotik ateburuan bakarrik geratzen dira ur bedeinkatuko pila txiki bat; atearen eskuinetara bolutadun gabletez burututako bi estriboa eta herriak “Maripena” deitzen duen emakume bat irudikatzen duen xurru bat. Agatza eusten, eite gotikoko kaneziloak landare irudiak tartekatzen dituztenak.
3- Pilareko Ama Birjinaren kapera tenpluaren oinetara egotzi egiten da
1553an Juan de Asteasu tenpluko oinetan ate monumentala estaliko zuen kapera bat eraikitzen zegoen. Eraikuntza hortatik gangen arrankeak besterik ez da geratzen, baina “Erregeen Andra Mariren” antzekoa izan behar zuela suposatzen da.
1732. eta 1740. urteen artean Juan Bautista de Arbaizak, gaur egun tenpluaren oinetara egotzia kontserbatzen den kapera eraiki zuen.
Arbaizak espazio eraikuntza bat sortzen du, zeinek batzen dituen egiturekin apurtzen du eta bere obrak simetria menperatzen duela erakusten du eta gizakiari hurbilago gelditzen zaion tenplu bat eraikitzen du, ez hain gorakoa. Azkenerantz dihoan barroko eta hasten den klasikoaren arteko nahaste bat da.
Oin oktogonalekoa, 18,80 metro ditu diametroz eta 19 berriz altueraz. Bere angeluetatik zutabe korintiar handiak ateratzen dira aingeru musikariz burutuak eta hauen bizkarretatik gangaren nerbioak jaiotzen dira, izar itzel bat eartzen dutelarik. Arku pisu bikoitz bat, oktogonalaren angeluetatik jaioa, pasabide bat eta oin baxuko galeria zabal biribila eta garaia eratzen dituzte.
Gangako apaingarriak Zaragozako Pilarreko Ama Birjinaren historia ekartzen digute gogora.
Gure Pilarreko Andrea erretaula kaperaren eraikuntzaren zerbait aurrekoa da. Barrokoa: XVII. mendeko azken urtetatik edo XVIII. mendeko hasierakoa. Gure Pilarreko Andrearen zizel irudia, tenpluko aintzinako ate nagusiaren mainelekoa da, XIII-XIV. mendekoa. Zutik, luzatua, hestua, horrelako irudiak diren bezalakoxea. Xarma eta naturaltasun haundiak ditu. Aurpegi obalatua begi rasgatuekin eta bekain oso makurrekin. Eskuineko eskuan, lore bat darama. Ezkerroko besoaz, umea sostengatzen du, hau erdiruntz bueltatua, bere eskuineko eskuaz bedeinkatzen eta ezkerraz sagar bat mantentzen du..
Zizel irudi hau, XII-XIV. mendekoa, polikromatua dago.Bi garaietako polikromiak bereiz daitezke:XVI eta XVII mendeetakoak. Berrikutuena Ama Birjinaren aurpegia da.
Zaragozako Ama Birjinarekin antza ezak harritzen gaitu, berean antza duten gauza bakarra, hortik bere iz